En la prueba de 100 metros mariposa, y en una carrera vibrante con un ajustadísimo final, en el que el ojo humano no podía detectar quién había sido el ganador, el cronometraje electrónico determinó que Phelps ganó la carrera tan sólo por una centésima.La plata fue para el serbio Milorad Cavic y el bronce para el australiano Andrew Lauterstein. La carrera fue liderada por el servio hasta último momento en el cual Phelps fue remontando y en los últimos metros demostró toda su potencia y podería para subir a lo más alto del podio y alcanzar el rércord de Mark Spitz de 7 oros olímpicos en unas olimpíadas.La ajustada victoria trajo polémica. La Federación Serbia de Natación presentó una protesta oficial al sostener que el sistema de cronometraje electrónico pudo fallar ya que según ellos Milorad Cavic había tocado la pared antes que Phelps.Sin embargo la Federación Internacional de Natación rechazó minutos después la protesta oficial Servia.